Rudenim dipimpin oleh seorang Kepala Kantor, susunan organisasi Rumah Detensi Imigrasi berdasarkan Keputusan Menteri Kehakiman dan Hak Asasi Manusia RI Nomor : M.01.PR.07.04 Tahun 2004 tentang Organisasi Dan Tata Kerja Rumah Detensi Imigrasi yaitu terdiri dari :

1. Sub Bagian Tata Usaha yang mempunyai tugas melakukan urusan tata usaha dan rumah tangga Rudenim seperti melakukan urusan kepegawaian, melakukan urusan keuangan, melakukan urusan surat menyurat dan perlengkapan rumah tangga.

2.Seksi Registrasi, Administrasi dan Pelaporan mempunyai tugas melakukan pencatatan deteni pada saat masuk dan keluar, membuat dokumentasi sidik jari, foto, dan menyimpan benda-benda milik pribadi, serta melaksanakan pemulangan terdetensi dan pelaporannya.

3.Seksi Perawatan dan Kesehatan mempunyai tugas melakukan penyiapan kebutuhan makan sehari-hari, kebutuhan perawatan kesehatan, dan kegiatan olah raga, serta memfasilitasi kegiatan ibadah terdetensi.

4.Seksi Keamanan dan Ketertiban mempunyai tugas dan bertanggung jawab terhadap pelaksanaan pengamanan, melakukan pengisolasian dan pemindahan terdetensi antar Rudenim serta pengeluaran terdetensi dalam rangka pengusiran dan pemulangannya.

Dalam melaksanakan tugasnya, Kepala Rudenim, Kepala Sub Bagian, Kepala Seksi, Kepala Sub Seksi, Kepala Urusan wajib menerapkan prinsip koordinasi, integrasi dan sinkronisasi di lingkungan Rudenim dan instansi lain sesuai dengan tugas pokok dan fungsinya masing-masing.